企業併購法實施後，許多企業透過併購增加營業規模，但不同的併購模式，可能造成參與併購的公司及股東租稅負擔不同，也引發三大稅務爭議，勤業眾信稅務部營運長陳惠明認為，賣方應將課稅的不確定性反映在交易成本裡面，把它轉嫁成買方負擔，才是因應之道。

勤業眾信聯合會計師事務所昨（1）舉辦「勤業眾信稅務論壇－透析稅務新制時代，創造企業致勝關鍵」，陳惠明表示，大幅翻修後的企業併購法，雖簡化併購程序、增加併購彈性及對價選擇多元性，但租稅成本也將影響併購效益，不可輕忽，且易引發三大稅務爭議。

第一個稅務爭議為組織重組的損失認定，陳惠明指出，過去按營所稅查核準則規定，營利事業以股票或固定資產作價出資的金額，低於原始取得成本的部分，可列為損失，但稽徵機關卻總以組織重組為理由，認為該筆損失實質尚未實現、而不能認列；但若是有「所得」，稽徵機關卻又要求先行課稅，使參與併購的公司及股東無所適從，因此如何維持併購的租稅中立完整配套措施，是應持續研議的課題，否則將造成企業併購成本的不確定性。

第二是虧損的扣除權益，之前企併法未能配合2009年所得稅法修正規定，將虧損扣除年限，從五年拉長為十年，直到去年企併法修法才完成銜接，但在2009至今年這段期間的併購案卻仍得維持虧損扣除年限為五年，這樣不但影響企業權益，也影響近年併購案件的進行。

財政部官員表示，雖然舊制確實不合理，但法規無法朔及既往，所以只能維持舊制。陳惠明認為，如果稽徵機關真要依實質課稅原則，應基於維持租稅中立及企併法立法精神，准予納稅義務人十年虧損扣除年限，按企業併購法所規範比例抵扣，若未來仍沒有共識，請大法官釋憲就是最佳解決辦法。

最後，企業的商譽該怎麼算？陳惠明提及，現行企併法對於商譽沒有客觀的標準，但企業由併購所取得的品牌價值或客戶關係等無形資產，均為併購成本的一環，也因此增加企業併購的成本。