財政部表示，根據「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」規定，避免同筆研發費用支出享雙重優惠，公司適用投資抵減的研發支出，不包括政府補助款在內。

甲公司申報2015年營利事業所得稅，申請適用依《產業創新條例》規定的研發支出投資抵減金額，未減除取自資策會的補助款1,000多萬元，國稅局核定補稅150多萬元。

據產創條例第10條規定，公司投資於研發支出的投資抵減的適用範圍等，由經濟部會同財政部訂定「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」。為避免同一筆研發費用支出享有雙重優惠，該辦法第11條規定，公司適用投資抵減的研發支出，不包括政府補助款在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。

公司向主管機關申請認定當年度研發活動是否具備創新價值時，應注意適用投資抵減的研發支出不包含政府補助款，並應詳實記載補助款支出項目及相關補助計畫內容，以免不符規定。